El objetivo del presente trabajo fue la detección coprológica y molecular del céstodo Anoplocephala perfoliata, parásito de equinos, a partir de heces extraídas directamente del recto de 112 caballos del Departamento del Valle del Cauca. Para aislar huevos del céstodo en las muestras de heces se usó el método reportado por Proudman y Edwards (1992 Se utilizó un kit para extraer ADN de un ejemplar de la A. perfoliata, como control positivo. Para la extracción del ADN fecal se utilizó el método fenol-cloroformo descrito por Menghi et al., 2006. Debido a su alta tasa de sustitución de nucleótidos, los espaciadores internos transcritos (ITS-1 e ITS-2) del ADN ribosomal (ADNr) se han convertido en regiones muy populares en la investigación de la variación inter e intraespecífica de los diferentes grupos de céstodos. Se amplificaron las regiones ITS (Internal Transcribed Spacer) del ADN de Anoplocephala perfoliata para todas las muestras extraídas basados en el protocolo de la PCR anidada (Drogemuller et al., 2004).