Las amebas de vida libre son protozoos presentes en la naturaleza que pueden causar enfermedades fatales en el ser humano tales como: meningoencefalitis amebiana primaria y encefalitis amebiana granulomatosa que no son diagnosticadas debido a la alta frecuencia de la meningitis bacteriana y viral. Objetivo: evaluar la presencia de las amebas de vida libre en fuentes de agua natural en el municipio de Turbaco con el fin de que sean consideradas en la conducta diagnóstica y terapéutica por las entidades de salud pertinentes. Método: se realizó un estudio descriptivo, transversal en los arroyos Matute, Mameyal y Cucumán del municipio de Turbaco- Bolívar. La identificación se hizo mediante el estudio de los frescos de las fuentes de agua observando características morfológicas de las amebas. Resultados: de un total de 54 muestras se obtuvo una positividad del 55.5% para una o más amebas de vida libre. Con mayor frecuencia Naegleria sp con un 44,4% y Acanthamoeba sp, en un 7,4%. Además se encontró otros microorganismos responsables de parasitosis intestinales como: Giardia intestinalis, Blastocystis hominis y Retortomonas intestinalis. Conclusión: los arroyos estudiados son hábitat de las amebas de vida libre, demostrando que están presentes en el ambiente y que son frecuentes en zonas donde el ser humano suele practicar ciertas actividades, sin embargo la proporción de Naegleria sp. encontrada permite alertar aún más a la población puesto que esta ameba puede afectar a todo tipo de individuo independiente del estado del sistema inmune que este tenga.