Introduccion: en decadas recientes se han hecho multiples estudios que describen los cambios que ocurren en el control de la frecuencia cardiaca (FC) secundarios a la practica de actividad deportiva, los cuales estan mediados por el sistema nervioso autonomo. Objetivo: comparar la variabilidad de la FC en valores absolutos y del indice LH/FH, de dos grupos de ciclistas, unos entrenados en actividades de ruta y otros en actividades de pista, durante una prueba de esfuerzo submaxima. Metodologia: se escogieron diez ciclistas de pista y ocho ciclistas de ruta por un muestreo no probabilistico; todos eran profesionales, no fumadores, ni farmacodependientes, con un volumen de entrenamiento semanal superior a treinta horas. El promedio de edad fue de 21,4 ± 2,3 anos. Los datos del tiempo entre latidos (RR) se agruparon segun la especialidad del ciclista para hacer las comparaciones, de igual manera, las variables estudiadas se agruparon segun la etapa de la prueba. Los 18 ciclistas fueron citados en el laboratorio de la Universidad Manuela Beltran, Bogota a 2.600 msnm, con una temperatura de 10°C y fueron monitorizados con Polar RS800 durante la prueba desarrollada en cicloergometro a traves del protocolo incremental tipo Step by Step donde se iniciaba con 2 Watt/Kg de peso corporal con un aumento de 50 Watts en cada etapa (3’). Los resultados obtenidos fueron transferidos al software Kubios HRV 3.1. donde se tuvieron en cuenta los resultados arrojados en el Dominio del Tiempo, Dominio de Frecuencia, y los Metodos no Lineales. Estos datos fueron exportados al programa estadistico SPSS, donde se hicieron los analisis registrando la media aritmetica, la mediana y la desviacion estandar de cada uno de los valores para las dos modalidades de cada uno de los ciclistas y, posteriormente, la comparacion entre las dos modalidades mencionadas. Resultados: con respecto a la frecuencia cardiaca, se presento una diferencia estadisticamente significativa al ser el grupo de ruta el que presento menores promedios respecto a los de pista (p<0,01). Uno de los parametros analizados fue el promedio de las frecuencias cardiacas minimas y maximas en cada grupo, siendo los de ruta los que presentaron minimas y maximas por debajo de los de pista (p<0,01). Al considerar los diferentes programas de entrenamiento y las adaptaciones cardiovasculares y autonomicas se procedio a calcular el indice simpatico cardiaco a partir de los picos de potencia de las diferentes frecuencias (transformada rapida de Fourier para los datos de tiempo entre latidos) encontrandose que al dividir las bajas frecuencias entre las altas frecuencias se obtuvo un resultado inferior a 0,5 para todos los casos, es decir, para las tres etapas en ambos grupos, lo que a su vez indica una alta actividad del sistema simpatico. Conclusiones: los ciclistas de ruta tienen mayor adaptacion a los esfuerzos de resistencia, lo que se refleja en un aumento de la actividad parasimpatica, presentando en una mayor tendencia frecuencias cardiacas mas bajas que los ciclistas de pista. A pesar de mostrar estas diferencias de modulacion parasimpatica, en pruebas de corta duracion, la actividad simpatica logra predominar sobre la parasimpatica al disminuir la variabilidad de la frecuencia, condicion que tiene un comportamiento similar en deportista de resistencia y de fuerza.