Spanish Abstract: Este articulo tiene el proposito de presentar un contexto general de la gobernanza del Sistema Nacional de la Ciencia, Tecnologia e Innovacion – SNCTI- colombiano. Dicho marco permitira realizar un diagnostico y propuestas de mejoramiento en el desempeno del SNCTI colombiano. Este documento esta dividido en tres apartados: (I) la descripcion de las politicas de C y T de paises desarrollados y en vias de desarrollo, (II) la descripcion del contexto institucional, en las que se desarrolla el concepto de Sistema Nacional de Ciencia y Tecnologia colombiano y (III) la gobernanza de la innovacion en el Sistema de Nacional de Ciencia, Tecnologia e Innovacion colombiano – SNCTI - y sus paradojas. Se concluye que existe un bajo grado de articulacion en el SNCTI resultante de las multiples dificultades que afectan su funcionamiento, como la carencia de una vision de largo plazo, la falta de politicas concertadas (primera y segunda paradoja), el debil apoyo del Estado (tercera paradoja), el deterioro de su capital humano (cuarta paradoja) y la falta de recursos economicos, entre otros. English Abstract: This article intends to show a general context of National Science System governance, Technology and Innovation - SNCTI- Colombian. This context will allow realizing a diagnosis and improvement proposals in the Colombian SNCTI performance. This document is divided in three sections: (I) the Science and Technology policies description developed and developing countries, (II) the institutional context description, in which it is developed to the Science and Colombian Technology National System concept and (III) the National Science System innovation governance, Technology and Colombian Innovation - SNCTI - and its paradoxes. They delivered at the conclusion that there is a low degree of articulation in SNCTI resulting from the many difficulties that affect its operation, such as the lack of a long-term vision, lack of agreed policies (first and second paradox), the weak support State (third paradox), the deterioration of human capital (fourth paradox) and the lack of economic resources, among others.