Resumen Objetivo: comparar las remociones del carbono organico disuelto (cod) obtenidas con humedales piloto de flujo subsuperficial (hpss) y de flujo superficial (hps) mediante Phragmites australis, usado como alternativa de tratamiento para aguas residuales domesticas de pequenas comunidades y zonas rurales. Metodologia: se realizo un estudio de tipo exploratorio experimental adicionando 100,12 mg/L. de carbono organico disuelto en agua sintetica contaminada con Clorpirifos, con la que se alimentaron los humedales. Se efectuaron 20 muestreos, 16 de ellos para cuatro experimentos y los restantes, en los intervalos en que no se agrego plaguicida. Se tomaron muestras los dias 1, 4, 8 y 11 en los seis humedales, tres de ellos subsuperficiales y tres superficiales. La principal variable respuesta fue carbono organico disuelto, medida en el analizador de carbono organico. Resultados: con los dos tipos de humedales se obtuvo alta eficiencia en la remocion del cod: 92,3% con flujo subsuperficial y 95,6% con flujo superficial. Esta alta remocion fue ocasionada por la interaccion entre las plantas, la grava y los microorganismos. Conclusion: en ambos tipos de humedales la remocion fue alta y semejante, pero se recomienda utilizar los de flujo subsuperficial porque en los superficiales se desarrollaron algas y biopeliculas gelatinosas, y son propicios para el desarrollo de vectores epidemiologicos importantes en salud publica.