Las bases moleculares para el reconocimiento y la respuesta inmune estan en la presentacion de peptidos antigenicos. Se utilizaron la teoria de conjuntos y los datos experimentales para realizar una caracterizacion matematica de la region central de union del peptido mediante la definicion de 8 reglas asociadas a la union al HLA clase II. Estas reglas se aplicaron a 4 peptidos promiscuos, 25 secuencias peptidicas naturales de la region central, de las cuales 13 presentaron union, mientras que los demas no, y 19 peptidos sinteticos buscando diferenciar los peptidos. A excepcion de uno, todos los peptidos de union y no union fueron caracterizados acertadamente. Esta metodologia puede ser util para escoger peptidos clave en el desarrollo de vacunas.