Chlamydia psittaci, es una bacteria altamente zoonótica de distribución mundial, responsable de la psitacosis, una de las enfermedades infecciosas más importantes de las aves psitácidas. Para determinar la prevalencia de C. psittaci en aves cautivas en Colombia, 343 muestras provenientes de 177 aves psitácidas del Centro de Recepción de Fauna Temporal del Convenio de Asociación N°131 IDPYBA – U.D.C.A fueron sometidas a una PCR convencional dirigida al gen ompA, para tal fin fueron diseñados cebadores específicos de especie; en total se trabajaron 166 muestras correspondientes a hisopado cloacal y 177 a materia fecal. C. psittaci fue detectada en el 81,3% (144/177) de la población analizada. De las muestras positivas, 129 de 166 correspondieron a hisopado cloacal y 53 de 177 a materia fecal; existiendo una probabilidad de detección 8,15 veces mayor para los hisopos cloacales en comparación con los hisopos fecales (p <0.05). Por otro lado, se estandarizó la técnica para la identificación de C. psittaci. Adicionalmente, este estudio reporta por primera vez la prevalencia de C. psittaci en aves psitácidas en cautiverio en Colombia; aunque previamente fue reportada una seroprevalencia del 85% utilizando una técnica de ELISA indirecta, la detección del agente utilizando técnicas moleculares no se había llevado a cabo hasta la fecha