La gulupa (Passiflora edulis f .edulis) es uno de los principales frutales exóticos de exportación cultivados en Colombia. A pesar de su importancia económica, las enfermedades virales se han convertido en una amenaza para la expansión de este cultivo y la carencia de planes fitosanitarios efectivos ha llevado a la diseminación de los patógenos y a la erradicación de algunos de los cultivos en Antioquia, Cundinamarca y Boyacá. Debido a su carácter nativo, existe poca información sobre el viroma de la gulupa y de los efectos de la infección viral en estas plantas. Gracias a los métodos de secenciación de nueva generación (NGS) es posible obtener transcriptomas completos de muestras vegetales en cualquier estado de infección. Esto permite la detección e identificación de todos los virus presentes en los tejidos bajo análisis, además del análisis de expresión diferencial de genes en el hospedante. Lo anterior es gran utilidad en la caracterización de las alteraciones en los procesos metabólicos de la planta y para comprender mejor los efectos de la infección sobre los rendimientos de los cultivos. El análisis de transcriptomas permite también estudiar las rutas involucradas en la interacción de los virus con las plantas y los mecanismos de defensa de las plantas frente a la infección viral. El objetivo de este trabajo fue analizar el transcriptoma de muestras de Passiflora edulis f. edulis colectadas en Antioquia para la detección y caracterización de virus, además de adelantar un análisis descriptivo de los transcritos, para identificar posibles genes involucrados en la respuesta de estas plantas ante la infección viral.