La leptospirosis hace parte de las enfermedades de interés para OMS y OIE, puesto que es una zoonosis de distribución mundial, que no solo afecta a humanos y animales en zonas rurales sino también a quienes habitan en ambientes urbanos; representando un problema de salud pública en Suramérica, debido a las condiciones ambientales, higiénicas, sanitarias, sociales y económicas de la región. En Colombia, en 2010, se evidenció un aumento del 24.50% en el reporte de casos de leptospirosis con respecto al 2009; no obstante, estos datos no representan la situación epidemiológica real del país, debido al subregistro y a la poca confirmación del diagnóstico en pacientes con sintomatología compatible a la establecida en los protocolos de vigilancia para leptospirosis. El objetivo de este trabajo fue analizar el proceso de notificación en cuanto a oportunidad y pertinencia y el seguimiento de pacientes humanos sospechosos de leptospirosis en una muestra de casos del Departamento de Boyacá y el Distrito de Bogotá en el 2011. Metodológicamente se conoció la percepción de un grupo de referentes nacionales de zoonosis, mediante entrevistas acerca del estado actual, problemáticas y perspectivas de la leptospirosis en Colombia, se identificó el número de casos confirmados y sospechosos de leptospirosis en humanos notificados al SIVIGILA por ambas Secretarías y se evaluó la aplicación del protocolo de vigilancia para leptospirosis en humanos, realizado actualmente en las DTS. A partir de lo anterior, se analizó el proceso de notificación y seguimiento a pacientes sospechosos en estas dos zonas del país y se sugirieron pautas que permitan aumentar la notificación de los casos confirmados, de manera que se puedan establecer las verdaderas tasas de incidencia de la leptospirosis humana en las diferentes zonas del país, buscando posibles factores de riesgo asociados y de esta forma se fortalezcan las medidas de prevención y control aplicadas en Colombia para esta enfermedad.