RESUMEN. El cáncer cervical ocupa el primer lugar en mortalidad por cáncer en mujeres de los países de bajos y medianos ingresos, donde se produjo el 80% de los 570,000 casos y 311,000 muertes en el mundo, estimadas para 2018. La infección persistente con genotipos de alto riesgo del virus del papiloma humano (VPH-AR) puede conducir a lesiones de alto grado (NIC-2 +), que si no se tratan progresan a cáncer. La prueba de VPH-AR tiene alta sensibilidad, pero dado que muchas mujeres infectadas eliminarán la infección espontáneamente, tiene baja especificidad para detectar NIC-2+. Los miRNA regulan la expresión génica a nivel postranscripcional y han mostrado perfiles diferenciales en el espectro de la enfermedad. Objetivo. Identificar miRNAs reguladores de proteínas diana de E6/E7 del VPH-AR, expresados diferencialmente entre lesiones de alto grado y lesiones de bajo grado del cérvix, en mujeres VPH-AR+. Métodos. Se buscaron miRNAs in-sílico con la estrategia basada en proteínas dianas de E6/E7 del VPH-AR. Se comparó el patrón de expresión de miRNAs entre tejidos fijado en formalina e incluido en parafina (TFFIP) VPH-AR+, con lesiones de bajo grado (n = 10) y lesiones de alto grado (n = 10) con datos de smallRNAseq y validamos cinco miRNAs por qRT-PCR en un grupo independiente de 50 TFFIP. Análisis exploratorios de curvas ROC se usaron para calcular el AUC de los miRNAs para la detección de NIC-3. Resultados. Se identificaron 454 miRNAs reguladores de alguno de los 19 genes que codifican para proteínas dianas de E6/E7. Por secuenciación se obtuvieron 162 miRNA diferencialmente expresados entre lesiones de alto grado y bajo grado, de los cuales 47 fueron predichos in-sílico. La expresión relativa de cinco miRNAs por qRT-PCR, fue mayor entre alto grado y bajo grado (p < 0,05) y los niveles de miR-2, 3 y 4 aumentaron con la progresión de la enfermedad (sano, NIC 1, NIC 2, NIC 3 +). Los mayores FC fueron obtenidos por el miR-1, 2 y 3, de 19.3, 10 y 9.4 respectivamente, en secuenciación, y de 16.8, 6.7 y 6.7 respectivamente, por qRT-PCR, entre alto y bajo grado (p < 0,05). El coeficiente de correlación de Pearson entre smallRNAseq y qRT-PCR fue 0.86. El miR-3 y su combinación con miR-1 obtuvo el mayor AUC de 79,09 % para la detección de NIC 3+. En conclusión, se identificaron 162 miRNA por secuenciación, de los cuales 47 regulan transcritos que codifican para proteínas diana de E6/E7, a su vez cinco de estos miRNAs (miR-1, 2, 3, 4 y 5) fueron validados por qRT-PCR mostrando que miRNAs reguladores de transcritos, cuyos genes codifican para proteínas diana de E6/E7, están alterados entre lesiones de alto grado y bajo grado. Se necesita una validación adicional en una cohorte de muestras más grande para confirmar el potencial de estos miRNA para clasificar mujeres VPH-AR+