Diversos estudios han sugerido que algunas de las variantes del Virus de Epstein Barr (VEB), principal agente etiologico de la mononucleosis infecciosa en adolescentes, pueden asociarse a patologias neoplasicas y otras a diversos origenes geograficos. En Colombia no existen reportes actuales del tema. Con el objetivo de caracterizar filo-geograficamente las variantes de VEB presentes en la cavidad oral de adolescentes aparentemente sanos de la ciudad de Cali, Colombia. Se analizaron catorce muestras positivas para VEB caracterizadas molecularmente por secuenciacion de un fragmento de 584 pb de la region C-Terminal del gen LMP1. Se realizaron analisis de porcentajes de identidad mediante el algoritmo BLASTn alineando las secuencias obtenidas versus secuencias de aislados de VEB de lineas celulares o reportadas en diferentes regiones a nivel mundial en el GenBank-NCBI. El analisis filogenetico y de mutaciones se realizaron con el programa MEGA v7. El 62% de las variantes se agruparon con la linea celular Raji, derivada de un paciente con linfoma de Burkitt; y un 38% agruparon con variantes de origen geografico del mediterraneo; ademas se identificaron tres mutaciones no sinonimas en el dominio carboxilo terminal activadora 1 (CTAR1), las cuales fueron: D210N, G212S y S229T. En conclusion, un grupo de VEB que circula en la cavidad de oral de adolescentes del sur-occidente colombiano, se asemeja a una variante asociada con el desarrollo del linfoma de Burkitt, y el otro, a variantes con un origen en el mediterraneo. Futuros estudios sobre como estas variantes afectan la funcion de la proteina LMP1 son necesarios.