El comienzo del siglo XX no fue fácil para la construcción del Ferrocarril de Antioquia pues, al terminar la Guerra de los Mil Días las vías requerían una reconstrucción general del tramo entre Puerto Berrío y La Quiebra. La vía, el material rodante, los edificios, el telégrafo y las instalaciones estaban casi destruidos y, en 1905 mediante el Acto Legislativo No. 7 y, la Ley 60 y la Ley 27 de ese año se nacionalizaron los ferrocarriles y se creó el Ministerio de Obras públicas. Con estos actos pasaba la administración y la propiedad de todos los ferrocarriles a la Nación, la cual contaba con unos exiguos recursos para enfrentar todos los problemas heredados del conflicto.