En este estudio se compararon los macroinvertebrados asociados a las raíces de Eichhornia crassipes en el período Transición Aguas en Ascenso TAA (agosto 2005) y Aguas Altas AA (diciembre 2005) en tres sistemas cenagosos de la Cuenca del Río Magdalena: Ciénaga del Cerro San Antonio (CCSA), Ciénaga Poza Verde y un sistema intermedio en la Ciénaga Grande de Santa Marta (Complejo Pajarales). Se colectó un total de 11864 individuos en total, distribuidos en los Phyla Annelida, Arthropoda y Mollusca, integrando 22 órdenes y 52 familias. Los resultados muestran que los cambios hidrológicos de las ciénagas respecto al río afectan regionalmente toda la colectividad, con diferencias significativas determinadas por Kruskall-Wallis en cuanto a la abundancia de especies, aumentando el número de taxa e individuos en el período de AA con un incremento del 16,55% del total, lo que sugiere que las macrófitas aumenta la heterogeneidad física del ambiente acuático y por ende la composición de la colectividad asociada a ellas. La diversidad alfa medida por el índice de Chao2 muestra que el aumento en la riqueza a partir de un mayor número de especies únicas es una característica sobresaliente en la CCSA. Hay diferencias temporales en los grupos de taxa exclusivos en cada momento hidrológico según el análisis de Sorensen. Finalmente, la colecta en todas las ciénagas de larvas, pupas y adultos de varios taxa sugieren que las raíces de E. crassipes se constituye en un hábitat estable y similar a pesar de los cambios regionales en la conductividad.