El presente trabajo busca identificar los principales determinantes de las diferencias en el desempeno educativo entre las escuelas publicas y privadas en Colombia, utilizando los datos del Programa Internacional de Evaluacion de Alumnos –PISA, 2009-. Se aplica la descomposicion de Oaxaca-Blinder, haciendo uso de la metodologia de variables instrumentales para solucionar el problema de endogeneidad. Los resultados obtenidos sugieren principalmente que las diferencias en compresion lectora se explican, de forma significativa, por el efecto dotaciones, en particular por las diferencias en dotacion individual y no por las diferencias en dotacion escolar.