Las microalgas del genero Scenedesmus sp. fueron caracterizadas visualmente con respecto al rompimiento y deformacion celular y a los contenidos de ficobiliproteinas (FBPs). Para la liberacion de las FBPs, las celulas provenientes del cultivo liquido fueron sometidas a dos tipos de rompimiento mecanico (homogenizacion sobre alta presion y sonicacion) y posteriormente deshidratadas por liofilizacion. Las fotomicrografias opticas revelaron que las celulas sometidas al tratamiento mecanico de homogenizacion sobre alta presion presentaron rompimiento celular. Para el caso de las celulas sometidas a sonicacion no se observo dicha ruptura, ya que fueron comparadas con las muestras no tratadas mecanicamente (testigo). Las FBPs presentes en las muestras sometidas a las metodologias de rompimiento mecanico de las celulas y el testigo fueron cuantificadas. El contenido de FBPs de las muestras sometidas a homogenizacion presento el mayor rendimiento frente aquellas tratadas por sonicacion y al testigo. En adicion, este tipo de rompimiento celular tambien proporciono la mayor recuperacion de FBPs (ficocianina Fc, aloficocianina Afc y ficoeritrina Fe) dentro de los cuales la aloficocianina (Afc) fue detectada en mayor cantidad.