Las orquídeas constituyen uno de los mayores grupos de plantas angiospermas en el mundo, Colombia es el país con más Orquídeas distribuidas dentro de su territorio; sin embargo, el gran interés hacia estas plantas como fuente de varias actividades antrópicas las ha puesto en peligro principalmente por la sobreexplotación de sus poblaciones. Esto plantea un panorama en el que los esfuerzos de conservación para estas especies se ven entorpecidos por la falta de identificación de especies cuando estas no presentan flor. El barcoding es una alternativa a la hora de identificar individuos que no presentan características anatómicas suficientes para ser identificadas. Benavides & Pinedo, (2016) y Pinedo et al., (2018) presentaron un banco de secuencias preliminar para la identificación de orquídeas a partir de los marcadores matK y rbcL. No obstante, se presentaron dificultades para diferenciar algunos géneros, como Oncidium y Cattleya. Con el uso de los marcadores propuestos para este trabajo: ITS y ycf1, se exhibió una mejor resolución a la hora de discriminar entre especies, resolviendo las dificultades presentadas para Oncidium y Cattleya. Se adicionaron ocho especies nuevas al banco de secuencias para la identificación de orquídeas con distribución en Colombia y se establecieron nucleótidos diagnósticos para algunas especies que no pudieron discriminarse a partir de árboles de distancia.