Introduccion: La espectrometria de masas en tandem (MS/MS) cuantifica simultaneamente diferentes metabolitos para la deteccion de errores innatos del metabolismo, viendose influenciada sus concentraciones por los factores biologicos de cada individuo. Objetivo: Determinar la correlacion de las variables peso, talla, edad y sexo con los perfiles de aminoacidos y acilcarnitinas en sangre de 392 recien nacidos de la ciudad de Cali. Metodos: Las muestras de sangre en papel filtro de neonatos (4 -18 dias) de Cali, fueron analizadas por MS/MS para determinar las concentraciones de Aminoacidos (n=8) y acilcarnitinas (n=16). El analisis estadistico incluyo calculo del coeficiente de correlacion de Pearson, evaluacion de diferencias significativas por t-student y U de Mann – Whitney (variable sexo), y estadisticos de ANOVA, Kruskall - Wallis, Tukey, Nemenyi y prueba de aleatorizacion (variable edad). Resultados: Los resultados reflejan una correlacion negativa de la leucina respecto a las acilcarnitinas, posiblemente debido al papel inhibidor de la leucina en la β-oxidacion de acidos grasos. Respecto al peso y talla, no se encontro correlacion con las concentraciones de los metabolitos, caso contrario a la edad que mostro correlacion negativa. La variable sexo mostro diferencias significativas respecto a la concentracion de carnitina libre. Conclusion: Se correlacionaron las concentraciones de los metabolitos incluidos en el programa de tamizaje neonatal ampliado de Cali respecto a los principales factores biologicos de los individuos estudiados, lo cual es importante en los procesos de diagnosticos de las diferentes alteraciones metabolicas.