La subcuenca Río Alto Negro en temporadas secas muestra disminuciones y aumento en épocas lluviosas de precipitación y temperatura por causa del Fenómeno El Niño-Oscilación del Sur (ENOS) en la fase cálida (El Niño) y fría (La Niña). Este trabajo de investigación estudio la relación e incidencia del ENOS sobre las variables meteorológicas de superficie precipitación y temperatura, la representación espacial del comportamiento de estas y la probabilidad de alteración pluviométrica durante el periodo de 1997 a 2016 por medio de 5 estaciones climatológicas intra y supra zonales, por medio de correlaciones de Pearson, análisis de anomalías estandarizadas, interpolación mediante distancia inversa ponderada (IDW) e índices puntual y categórico, tabla de frecuencias y de probabilidades. Los resultados evidenciaron que el ENOS se relaciona sobre la temperatura con un grado de fuerte y perfecta de acuerdo al valor de 0,76 en correlación de Pearson, la precipitación está relacionada entre moderada y fuerte en diferentes años y trimestres del periodo estudiado; la incidencia se ve reflejada para el fenómeno El Niño en la parte noroccidental de la subcuenca y La Niña en la parte suroriental y noroccidental, teniendo la precipitación una probabilidad de alteración entre los rangos de normalidad con un valor de 83,3 % de categoría normal en la fase cálida y 88% en la fase fría. Durante el ENOS la temperatura en el fenómeno El Niño generalmente se presentan aumentos en la zona nororiente y disminuyen en el suroriente de la subcuenca, en La Niña se aumenta en el suroriente y disminuye en la zona nororiente, confirmando que estos dos fenómenos son inversamente proporcionales.