Esta tesis doctoral tiene como objetivo general determinar el valor agregado para los Núcleos Básicos del Conocimiento y para las Instituciones de Educación Superior (IES) de nivel de pregrado y formación universitaria, en términos de las competencias genéricas en Colombia, y el aporte metodológico, desde un enfoque de la Economía de la Educación en el periodo 2012 - 2016. La información secundaria fue tomada de las bases de datos longitudinales correspondientes a las pruebas estandarizadas Saber 11 y Saber Pro publicadas por el Instituto Colombiano para la Evaluación de la Educación (ICFES). Metodológicamente se estimaron 80 modelos econométricos multinivel, para identificar el valor agregado en las competencias de lectura crítica y razonamiento cuantitativo de los estudiantes de educación superior de pregrado y nivel universitario. Esta investigación aporta al conocimiento en al menos seis aspectos: 1. Metodología robusta para determinar el valor agregado, 2. En las IES no acreditadas existe una mayor dependencia cognitiva del resultado previo del estudiante en el nivel de educación media comparado con las acreditadas, en términos institucionales, 3. El efecto del rendimiento grupal es el que mayor determina el rendimiento individual del estudiante en las competencias genéricas en la educación superior, lo que se denomina en la literatura “efecto par”, 4. Las IES privadas aportan un mayor valor agregado que las IES oficiales en la competencia de razonamiento cuantitativo, independientemente si son acreditadas o no, sobre todo en el periodo 2014 – 2016; en el caso de la competencia de lectura crítica no existen diferencias significativas en el valor agregado aportado por distintas IES. 5. Se relacionan once características educativas practicadas en común por las IES que aportan un mayor valor agregado y 6. Los estudiantes mejoran su desempeño en competencias lectoras si disponen de una formación matemática importante, considerando los resultados en los NBC