La hipoacusia congenita provoca cambios importantes en la organizacion cerebral, asi como un retraso en el neurodesarrollo del nino. La implementacion adecuada de programas de cribado auditivo neonatal, garantiza el diagnostico temprano y su intervencion. Los equipos utilizados en estos programas deben ser faciles de operar, ser portables y presentar metodos automaticos para la deteccion de las perdidas auditivas. En este trabajo se presenta el Modulo de Control, basado en el microcontrolador STM32F429xx, del sistema de cribado neonatal conocido como Infantix, desarrollado por el Centro de Neurociencias de Cuba. Este modulo tiene entre sus funciones, alimentar y controlar el resto del sistema, procesar las senales bioelectricas provenientes del modulo registrador, almacenar los datos de los pacientes y sus pruebas, y establecer la interfaz con el usuario. Como resultado se obtuvo un Modulo de Control, que brinda portabilidad al sistema, alimentado por bateria y de bajo consumo. El modulo implementado presenta una interfaz de usuario amigable y la capacidad de ejecutar pruebas de forma automatica, sin necesidad de la presencia de un personal altamente calificado. Con el desarrollo de este modulo, surge una nueva alternativa para la deteccion temprana de perdidas auditivas.