La Ehrlichiosis Monocítica Canina (EMC) y la Babesiosis Canina, son patologías de distribución mundial causadas por Ehrlichia canis y Babesia canis, respectivamente, comparten vector (Rhipicephalus sanguineus) y existen reportes en Colombia de infección individual y co-infección. La Fuerza Aérea Colombiana (FAC) cuenta con caninos entrenados en detecciones. En las Unidades de clima cálido del año 2008 al 2012, se ha reportado una alta tasa de mortalidad presuntivamente EMC, sin diagnóstico confirmado. Reemplazar un animal fallecido tiene altos costos económicos e intangibles (tiempo y capacidades adquiridas), por ello surge la necesidad de confirmar la posible presencia E. canis y B. canis en dichas Unidades, mediante el uso de pruebas moleculares. Para este estudio se evaluó la población total existente (65 caninos), mediante examen clínico, identificación de ectoparásitos, examen de gota gruesa y venopunción para extracción de sangre. A partir de éstos, se evaluó la presencia de anticuerpos contra E. canis a través de la técnica inmunocromatográfica. Se realizaron cuadros hemáticos y se obtuvo ADN total para la detección molecular de los genes 16S rRNA y 18S rRNA de E. canis y B. canis, respectivamente, mediante PCR. Se observó seroprevalencia de E. canis para todas las Unidades Aéreas estudiadas. Se identificaron 18 ejemplares de Rihpicepalus sanguineus en CACOM 1 Y GACAS. Sólo un animal en Yopal-Casanare, presentó sintomatología clínica de enfermedades vectoriales, observándose mórulas intracitoplasmáticas de Anaplasma platys en las plaquetas del frotis sanguíneo. Para ninguno de los caninos evaluados se halló material genético de las enfermedades estudiadas en el presente estudio.