ImpactU Versión 3.11.2 Última actualización: Interfaz de Usuario: 16/10/2025 Base de Datos: 29/08/2025 Hecho en Colombia
Implementación de una estrategia in-silico para la identificación de péptidos candidatos a vacuna terapéutica individualizada en tumor de paciente con PEComa
En el presente trabajo se expone la implementación de una estrategia in-silico para la identificación y priorización de péptidos candidatos a vacuna personalizada en tumores de cáncer aplicado a un caso de estudio de una paciente con PEComa que expresa el alelo HLA-A*24:02. Dicha estrategia se compone de 2 grandes etapas. La primera etapa consiste en la identificación de péptidos candidatos a vacuna personalizada a través de análisis de datos genéticos (ADN y ARN) que permiten la identificación y cuantificación de expresión de mutaciones somáticas presentes en el tumor, a partir de las cuales se obtienen todos los posibles péptidos mutantes (de entre 9 y 21 aminoácidos de longitud) que podría expresar el tumor; estos péptidos son filtrados a través de algoritmos que evalúan la afinidad y estabilidad con el haplotipo HLA del paciente para obtener una lista reducida de péptidos candidatos a vacuna personaliza. En la segunda etapa se realizan simulaciones de docking molecular entre los péptidos cortos previamente identificados (de entre 9 y l0 aminoácidos de longitud) y la molécula HLA-A*24:02 con el fin de evaluar y caracterizar la interacción péptido-HLA de tal manera que proporcione información que apoye el proceso de priorización de péptidos a evaluar de manera in-vitro. Para nuestro caso de estudio, se identificaron 12 péptidos candidatos a vacuna personalizada (6 de los cuales son péptidos largos que enmarcan una epítope tanto para moléculas HLA clase I como para clase II), de las cuales se simuló el d ocking molecular de 5 péptidos cortos (tanto la versión mutada como la nativa) con la molécula HLA-A*24:02. Dichas simulaciones permitieron identificar los puentes de hidrógeno entre el péptido y la molécula HLA y realizar una estimación de la energía del complejo, lo cual llevó a priorizar 2 de los 5 péptidos evaluados. Aunque la estrategia permitió identificar y priorizar péptidos candidatos a vacunas personalizadas en un tumor de una paciente con PEComa, queda como perspectiva extender la estrategia del docking molecular a péptidos largos con moléculas HLA clase II y evaluar la estabilidad del complejo péptido-HLA a través de dinámica molecular.