La arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancr.) es una raiz tuberosa originaria de los Andes con mayor area de cultivo en Colombia, Brasil, Ecuador y Venezuela. Es la unica umbelifera de las Americas domesticada; se hipotetiza a Colombia como centro de domesticacion ademas de ser parte del centro de diversidad primaria del genero y conservacion de la especie. El presente estudio abordo un analisis de diversidad genetica a nivel morfologico y molecular de 96 accesiones de arracacha manejadas por el Sistema de Bancos de Germoplasma de la Nacion para la Alimentacion y la Agricultura (SBGNAA), de las cuales, 88 accesiones provienen de colectas en seis municipios de Colombia y cinco accesiones provenientes de Peru de las cuales no se tiene informacion concreta sobre el origen de estos materiales. Un analisis AFDM permitio diferenciar caracteres morfologicos cuantitativos como longitud de hoja y peciolo, altura y diametro de la planta y cualitativos como color secundario de la hoja y color del nabo explicaron la mayor parte de la variabilidad genetica, mientras la evaluacion con 10 marcadores moleculares (SSR fluorescentes), identifico valores promedio de PIC 0.42, heterocigosidad 0.54 y diversidad genetica de 0.47. Los analisis de dissimilaridad generaron tres agrupaciones principales, siendo la primera compuesta por individuos mono-alelicos, la segunda por di-alelicos y la tercera por tri-tetra-alelicos. La obtencion de la estructura poblacional fue basada en la ploidia mas no el sitio de colecta de las accesiones. Se presentaron alelos unicos que pueden estar soportando la diferenciacion genetica entre las accesiones de arracacha estudiadas y junto con los caracteres morfologicos discriminantes permitieron la seleccion de ocho genotipos promisorios para futuros progamas de mejoramiento (ILS 202, ILS 206, ILS 3417, ILS 3418, ILS 3912, ILS 3915, ILS 3933 y YEM HUE). Este estudio es un primer acercamiento a los recursos fitogeneticos del banco de germoplasma de arracacha para futuros programas de mejoramiento en la especie.