Resumen La aplicación de concepto s genético y filogenético de especie ha aumentado el número de especies reconocidas actualmente. Recientes estudios en la sistemática molecular del género Micronycteris reúnen once especies agrupadas en cuatro subgéneros Leuconycteris , Micronycteri s , Schizonycteris , y Xenonectes , y evidencia de que especies como M icronycteris minuta y M icronycteris megalotis son polifiléticas con tres clados para cada una con distribuciones geográficas alopátricas. Colombia está en la zona de contacto entre los clad os propuestos para M. minuta y M. megalotis , sin embargo, ningún espécimen del país había sido incluido en dichos análisis, esto junto a la esca s a información morfológica de cada clado dificulta la identificación de los especímenes colombianos, así como hace incierta sus relaciones filogenéticas. En este trabajo se hizo una separación “ a priori ” de grupos morfológicos basados en caracteres y el tamaño de los individuos, posteriormente fueron corroborados a través de un análisis de sistemática molecular. I ncluimos secuencias de un gen nuclear ( Fbg 7) y un gen mitocondrial ( Cyt B) de individuos de las cinco especies de Micronycteris reportadas para Colombia . Se realizaron análisis de máxima verosimilitud y Bayesianos para cada gen separado y un análisis pare ado. Se evaluaron cuatro conceptos de especie para realizar una delimitación robusta de las especies. Con base a dichos análisis solo se soportan cinco de las once especies descritas para el género de las cuales cuatro están presentes en Colombia. Teorías como los refugios del P leistoceno pueden explicar la amplia variación genética y morfológica encontrada, sin embargo, corroborar dichas premisas requieren de la aplicación de un número mayor de individuos con una mayor cobertura geográfica.