Magnaporthe oryzae es el agente causal de la enfermedad conocida como Pyricularia la cual es la más destructiva en campos de arroz a nivel mundial, siendo la utilización de variedades resistentes una de las medidas más efectivas en el control de la enfermedad. Las líneas de secano L3 y L23 son materiales elite con altos niveles de resistencia a la enfermedad ya que han sido seleccionados en un sitio con alta presión del patógeno. Estudios recientes han mostrado que genes resistencia provenientes de especies silvestres Pi9 y Pi40 (Oryza minuta y O. australiencis) proporcionan resistencia a la población de Pyricularia encontrada en Colombia. En la presente investigación se introgresaron estos genes utilizando los genotipos 75-1-127 e IR83260-1-1-12-1-1-3-1-1 por medio de Retrocruces y utilizando selección asistida por marcadores moleculares tipo SNP. Para ello se utilizó 96 marcadores SNP para Pi9, y 48 para Pi40, marcadores para el genoma del parental recurrente. Esta estrategia permitió obtener individuos con recuperación del 100% de los alelos del parental recurrente en BC2F2 para L23_Pi9, BC3F1 para L3_Pi40, BC3F1 para L23_Pi40 y en un 95% para L3_Pi9 en BC3F1. Se espera que la introgresión de nuevos genes de resistencia de especies silvestres en las líneas de secano aumente la durabilidad de la resistencia a lo largo del tiempo.