La tosferina una enfermedad causada por Bordetella pertussis, prevenible por vacuna que en los ultimos anos ha tenido un importante aumento de casos confirmados en Colombia con una incidencia de 8,5 X 100.000 habitantes en el 2012 que no se registraba desde 1987. Con el fin de conocer el tipo de poblacion de B. pertussis que circula en Colombia se analizaron por la PFGE (electroforesis en gel de campo pulsado) y MLST, (tipificacion de las secuencias “multi-locus”) 67 aislamientos de B. pertussis aislados entre 1999-2016 y 80 aspirados nasofaringeos por MLST de 2016 de casos confirmados de tosferina. Los perfiles mas frecuentes para los aislamientos colombianos fueron: CDC010-prn2-ptxP3-ptxA1-fim3-1(30%), CDC002-prn2-ptxP3-ptxA1-fim3-1 (15%), CDC013-prn2-ptxP3-ptxA1-fim3-2 (15%) y el genotipo comun para las muestras de casos confirmados fue prn2-ptxP3-ptxA1-fim3-1 (78,8%). El uso de PFGE+MLST fueron mas discriminatorias (D= 0,86) que las pruebas de tipificacion por separado. Es estudio provee evidencia de la alta frecuencia y dominancia del genotipo prn2-ptxP3-ptxA1-fim3-1 en Colombia que es similar a lo que circula actualmente en otros paises que realizan epidemiologia molecular. Los alelos encontrados en las vacunas difieren a los genotipos hallados en las muestras y aislamientos colombianos.