Introducción: La peritonitis secundaria ocurre cuando existe ruptura mecánica de la integridad de la pared intestinal dejando expuesta la cavidad a microorganismos de la flora intestinal, y terciaria cuando existe persistencia o recurrencia de la infección intraabdominal luego de tratamiento adecuado, ambas entidades se asocian a alto grado de morbimortalidad. Es alarmante el aumento en la resistencia de las enterobacterias a los antibióticos comúnmente utilizados. Objetivo: Describir el perfil microbiológico y el patrón de resistencia antibiótica de patógenos aislados en peritonitis secundaria y terciaria. Materiales y métodos: Estudio descriptivo de corte transversal donde se analizan cultivos peritoneales de pacientes con diagnóstico de peritonitis secundaria o terciaria por un periodo de 64 meses, para un total de 519 muestras. Resultados: En peritonitis secundaria los microorganismos predominantes fueron: E coli, K pneumoniae, y P aeruginosa. En peritonitis terciaria predominaron: Gram negativos, Cándida albicans, no albicans y E faecium. Alta resistencia de las enterobacterias para ampicilina sulbactam, ciprofloxacina y cefalosporinas de segunda generación. Alta sensibilidad para amikacina, carbapenemicos y sensibilidad intermedia para cefalosporinas de tercera generación y piperacilina tazobactam. El porcentaje de BLEE para E coli se reporta en un 14% y el porcentaje de K pneumoniae productora de carbapenémasas es de 34%. Se reporta S aureus meticilinoresistente en un 43%. Se observa resistencia de 73% de E faecium para Vancomicina. No resistencia de la Cándida albicans a azoles ni a equinocandinas. Se reporta resistencia de Cándida no albicans en un 28% a azoles y no se reporta para equinocandinas. Conclusiones: En peritonitis secundaria utilizar medicamentos que tengan cubrimiento para enterobacterias tal como amikacina, piperacilina tazobactam, cefalosporinas de 3ra y 4ta generación, carbapenémicos, y tigeciclina. No utilizar ampicilina sulbactam, ni ciprofloxacina. En sospecha de infección por E faecium utilizar linezolide y en infección por hongos iniciar con equinocandinas.