El Neotrópico presenta una de las avifaunas más ricas del mundo asociada a la gran variedad de ecosistemas producto de la heterogeneidad topográfica y climática. Como parte de esta zona megadiversa, los Andes colombianos presentan un escenario prometedor para la investigación en hemoparásitos aviares, poco estudiados en tierras altas en todo el mundo. El orden Haemosporida incluye especies causantes de malaria aviar y parásitos relacionados, los cuales han sido implicados con la mortalidad de aves en cautiverio así como en la disminución poblacional de especies endémicas en Hawaii. Este estudio evaluó la diversidad de los géneros Haemoproteus y Plasmodium presentes en aves de la región Andina de Colombia; utilizando en conjunto la determinación morfológica de las especies y la identificación de linajes de citocromo b. En total se determinaron 14 morfoespecies de las cuales seis son nuevas para el mundo y se da la descripción de una de ella: Plasmodium (Novyella) unalis sp. nov. También se da la redescripción de Plasmodium (Haemamoeba) lutzi un parásito que solo había sido reportado en tierras bajas. Las especie Plasmodium (N.) unalis y P. (H.) lutzi resultaron genéticamente relacionados con Plasmodium (N.) vaughani y P. (H.) relictum respectivamente, parásitos de amplia distribución geográfica y de hospederos. Se reportan también 25 linajes de citocromo b de los cuales 18 no han sido reportados previamente. En cuanto a la concordancia entre identificación morfológica y molecular, el marcador citocromo b mostró ser útil para la determinación de especies, a pesar de su baja resolución filogenética. El genero Plasmodium presentó diferencias en las especies entre tierras altas (este estudio) y las reportadas previamente en tierras bajas neotropicales. Finalmente se consideraron las diferencias entre los parásitos que infectan aves residentes y migratorias, encontrándose que existen linajes restringidos a residentes y otros a migratorias boreales; solo un linaje fue compartido entre estos tipos de aves, sin embargo este parásito no fue encontrado en aves boreales no-migratorias; indicando que el linaje compartido no cuenta con un ciclo de transmisión establecido en la región boreal. Las diferencias en fauna aviar y vectora pueden estar restringiendo la transmisión de linajes parásitos foráneos en Colombia.