Colombia es uno de los principales paises exportadores de peces ornamentales de agua dulce a nivel Latinoamericano. Los “otocinclo” son pequenos siluriformes de agua dulce con distribucion en el Neotropico, abarcando desde Colombia hasta el norte de Argentina. En la actualidad la legislacion nacional permite el aprovechamiento comercial de cinco especies del genero Otocinclus: Otocinclus affinis, Otocinclus huaorani, Otocinclus macrospilus, Otocinclus vestitus y Otocinclus vittatus; sin embargo a nivel de exportacion se han clasificado de manera general con el nombre de otocinclos, lo cual ha conllevado a una erronea identificacion de las diferentes especies que realmente estan siendo comercializadas. Dado el grado de similaridad morfologica entre especies estrechamente relacionadas, es importante considerar el empleo de herramientas moleculares para la taxonomia de este grupo particular. Se evaluaron 18 variables morfologicas, 15 variables morfometricas, se utilizaron marcadores moleculares tipo RAMs (Random Amplified Microsatellites) y secuenciciacion de una region mitocondrial de 693 pb correspondiente al gen Citocromo Oxidasa I (COI), para individuos de otocinclos colectados en las zonas de Arauca, Villavicencio, San Jose del Guaviare y Leticia. Con las variables morfologicas se logro discriminar los individuos por zona de captura, sin embargo los especimenes de Villavicencio y San Jose del Guaviare, por la cercania de las cuencas, comparten no solo caracteristicas morfologicas sino tambien geneticas, en los analisis moleculares mediados por los marcadores RAMs se obtuvieron valores de diversidad genetica de 0,40 y de loci polimorfico del 100%, lo que sugiere una moderada diversidad (Fst 0,1542). Por otra parte el empleo de la region COI permitio la identificacion, no solo de las especies por medio de taxonomia molecular usando las bases de datos, sino tambien la variabilidad genetica para los grupos por medio de redes haplotipicas 57 haplotipos hallados con un indice de diversidad nucleotidica Pi:0.304 y diversidad haplotipica:0.8913, adicionlmente se pudo inferir la distribucion y dispersion de las especies en las diferentes regiones geograficas debido a la presencia de haplotipos compartidos para las diferentes poblaciones. Por medio del presente trabajo se pudo identificar la diversidad genetica de otocinclus en la cuenca del Orinoco y Amazonia X Caracterizacion Morfologica y Molecular de la Diversidad Genetica de otocinclo “Otocinclus spp” en la Orinoquia Colombiana. colombianos, la distribucion de las principales especies en dichas regiones, la dispersion de estos organismos en algunas de las cuencas y la aplicacion de la tecnologia ADN codigo de barras para la identificacion de especies en la diversidad biologica de los sistemas naturales.