Los aceites esenciales (AE), son mezclas complejas, de componentes de diversa naturaleza quimica. Una de las actividades biologicas mas ampliamente estudiada en los AE es la antimicrobiana como una alternativa a la resistencia bacteriana. Por otra parte, el estudio de la fitotoxicidad de los AE es de gran importancia para determinar su efecto ecotoxicologico al interactuar con otras especies. Los (AE) de tomillo (Thymus vulgaris) y cardamomo (Elettaria cardamomum) se obtuvieron mediante hidrodestilacion asistida por microondas y analizaron por CG-MS. Se determino la CIM y CBM para cada AE frente a Streptococcus mutans y Porphyromonas gingivalis empleando el metodo de microdilucion en placa. Se evaluo la CE50, el Indice Mitotico (IM) y la identificacion de Aberraciones Cromosomicas (AC), empleando como bioindicadores las semillas de repollo (Brassica oleracea), tomate (Lycopersicon esculentum) y bulbos de cebolla (Allium cepa). El AE de tomillo, cuyo compuesto mayoritario es timol (21,2%) presento una CIM 500-1000 µg/mL y CBM 1000 µg/mL frente a S. mutans; y para el P. gingivalis mostro una CIM 250 µg/mL y CBM 500 µg/mL. Por otro lado, el AE de cardamomo esta compuesto principalmente por acetato de α-terpenilo (40%). Este AE mostro una CIM 500-1000 µg/mL y CBM 500 µg/mL frente P. gingivalis. Sin embargo, no evidencio actividad antimicrobiana para S. mutans. En cuanto a la fitotoxicidad, los AE de tomillo y cardamomo no presentaron actividad fitotoxica en los bioindicadores de tomate y repollo (CE50 >1000 µg/mL). Sin embargo, para los bulbos de cebolla, se determino una CE50 415 µg/mL para el AE de tomillo y una CE50 743 µg/mL para el AE de cardamomo; y se identificaron aberraciones cromosomicas como cromosomas pegajosos, vagabundos y puentes.