En este estudio se evaluo la influencia de la aplicacion de agroquimicos en la diversidad fungica y bacteriana del sistema productivo de arroz (Oryza sativa), para ello se tuvo en cuenta los parametros fisicoquimicos (temperatura, pH, conductividad electrica, materia organica, nitrogeno, fosforo y potasio) y la caracterizacion de la diversidad fungica y bacteriana. La investigacion se desarrollo en Villavicencio-Meta, especificamente en los predios de la Universidad de Los Llanos, Sede Barcelona. La influencia del sistema productivo de arroz se comparo con un pastizal (Panicum maximum), en un area testigo, para ello se tuvo en cuenta la rizosfera del suelo a una profundidad de (0-10 cm). Posterior al monitoreo de los parametros fisicoquimicos, la diversidad fungica y bacteriana, se analizo estadisticamente las variables abordadas por medio del software IBM SPSS Statistics 25. Mediante el analisis y la evaluacion de las propiedades fisicoquimicas, la caracterizacion de la diversidad fungica y bacteriana y el analisis estadistico, se determino que, la diferencia en las propiedades fisicoquimicas anterior y posterior a la aplicacion de los agroquimicos fueron minimas, ya que el pH, en el area del sistema productivo de arroz fue de 5,1 a 5,2, indicando un suelo extremadamente acido, asi mismo se presentaron los demas parametros con cambios de 0,1 a 0,2, a excepcion de la conductividad electrica, la cual se presento 309 a 153,3 µ/cm y el fosforo el cual se presento de 37,2 a 43,8% , es decir que presentaron un cambio significativo. En la caracterizacion de microorganismos, se encontro un total de 12 colonias bacterianas y 35 colonias fungicas, donde gran parte de estas fueron patogenas, cada una con su descripcion macroscopica y con sus respectivos generos, exceptuando algunas colonias bacterianas a las que no se logro identificar su genero. En cuanto a la diversidad fungica y bacteriana luego del respectivo analisis estadistico en las areas, se presento diferencias numericas en las UFC, pero no diferencias significativas. Es decir que la influencia de la aplicacion de agroquimicos en el sistema productivo de arroz, no es significativa, un factor que pudo llegar a influir fue que las cantidades aplicadas de agroquimicos al area no son excesivas, es decir cumple con las dosis recomendadas. Los resultados obtenidos serviran de referencia para las personas que deseen desarrollar futuros proyectos de investigacion o actividades relacionadas con la tematica.