La industria agroalimentaria de Colombia integra el eslabon de produccion primaria, el de trasformacion y la distribucion alimentaria, lo que implica una apuesta de valor multisectorial con gran impacto en la sociedad, por lo tanto, su abordaje en temas de innovacion amerita la generacion de estrategias concretas para el posicionamiento, diferenciacion y apertura de nuevos mercados. Esta investigacion analiza los sistemas regionales de innovacion de la industria agroalimentaria de Colombia y sus variables claves para el progreso tecnologico, mediante tres estudios empiricos de los grupos de empresas agricolas, de alimentos y bebidas y de distribucion alimentaria. El abordaje metodologico fue deductivo exploratorio con la utilizacion de varias tecnicas de manejo de datos como: analisis factorial, analisis de cluster, frontera estocastica de produccion y analisis multinivel. Las fuentes de informacion se acomodaron a la disponibilidad de informacion existente en las bases de datos de fuentes oficiales del orden nacional e internacional, y cuando esto no fue posible, se procedio a la construccion de indicadores de innovacion tecnologica sobre la base de los ya existentes. Dentro de las bases de datos consultadas estan: la Encuesta Anual Manufacturera (2015), la Encuesta de Innovacion Tecnologica (2013-2014), boletines demografica y de poblacion del DANE (2015), etc.; tambien se utilizo los balances financieros que aparecen reportados en los Registros Mercantiles de la Camaras de Comercio de Colombia y que se recogen en la Base de Datos ORBIS. Los resultados del estudio permiten afirmar, que los sistemas regionales de innovacion de la industria agroalimentaria nacional son diversos en su configuracion sectorial y regional, con eficiencia productiva heterogenea (principalmente en las pequenas empresas de agricultura); las variables claves que aportan a la generacion de innovaciones comercializables son la articulacion y cooperacion empresarial; los inputs o entradas que dinamizan la funcion de produccion se vinculan a la disponibilidad de liquidez de las empresas y al tamano empresarial. Finalmente, el abordaje de los sistemas de innovacion agroalimentarios del pais requiere de estrategias de politica publica de innovacion diferenciales (por sector y por localizacion geografica) para garantizar la reduccion de la brecha tecnologica entre empresas dispares y aumentar asi los margenes de eficiencia productiva, de rentabilidad y de competitividad territorial. ----------ABSTRACT---------- Colombia's agri-food industry integrates the primary production link, the transformation and food distribution link, which implies a multisectoral value bet with great impact on society, therefore, its approach to innovation issues merits the generation of strategies concrete for the positioning, differentiation and opening of new markets. This research analyzes the regional innovation systems of the Colombian agri-food industry and its key variables for technological progress, through three empirical studies of the groups of agricultural, food and beverage and food distribution companies. The methodological approach was exploratory deductive with the use of several data management techniques such as: factor analysis, cluster analysis, stochastic production frontier and multilevel analysis. The sources of information were adapted to the availability of existing information in the databases of official sources of the national and international order, and when this was not possible, technological innovation indicators were built based on the existing ones. Among the databases consulted are: the Annual Manufacturing Survey (2015), the Technological Innovation Survey (2013-2014), DANE population and demographic bulletins (2015), etc.; The financial balances that are reported in the Mercantile Registries of the Colombian Chambers of Commerce and that are included in the ORBIS Database were also used. The results of the study allow us to affirm that the regional innovation systems of the national agri-food industry are diverse in their sectoral and regional configuration, with heterogeneous productive efficiency (mainly in small agricultural companies); the key variables that contribute to the generation of marketable innovations are the articulation and business cooperation; The inputs or inputs that boost the production function are linked to the liquidity availability of the companies and the business size. Finally, addressing the country's agri-food innovation systems requires differential innovation public policy strategies (by sector and by geographic location) to ensure the reduction of the technological gap between disparate companies and thus increase the margins of productive efficiency, of profitability and territorial competitiveness.