La radiobiologia, que estudia el efecto de la interaccion radiacion-materia en sistemas biologicos, es un area fundamental para la optimizacion del tratamiento del cancer por radioterapia. Una de las tecnicas mas utilizadas en radiobiologia son los ensayos clonogenicos (o de formacion de colonias), que buscan medir la perdida en la capacidad de division celular en una celula tumoral despues de haber sido tratada con radiacion ionizante. El analisis de los datos obtenidos por esta tecnica requiere del conteo de las colonias formadas a partir de cientos de celulas inicialmente irradiadas y cultivadas. Aunque existen algunos sistemas automaticos para el conteo de colonias, estos son en general muy costosos y/o solo parcialmente automaticos. Por esta razon, en la mayoria de los casos el conteo se realiza de forma manual, haciendo de este un proceso tedioso e impreciso. Para solucionar este problema, radiobiologos, ingenieros y estudiantes de ingenieria biomedica y medicina de tres universidades, se unieron para desarrollar una estrategia que facilite la obtencion de los datos de los ensayos clonogenicos. En este trabajo se presenta un nuevo metodo automatico para el conteo de colonias de ensayos clonogenicos, basado en tecnicas de procesamiento de imagenes. Se compararon los resultados obtenidos con el sistema automatico con conteos manuales para verificar la calidad y precision del metodo propuesto. Con esta nueva tecnica, se espera aportar al desarrollo de soluciones practicas en el ambito radiobiologico, que ayuden a mejorar la obtencion de datos experimentales conducentes a proponer soluciones, desde el laboratorio, a problemas de salud en el area de la radio-oncologia.