La FDA y Janssen Phamaceuticals -el fabricante de cisaprida- han advertido mediante cartas a los prescriptores que el farmaco no debera ser utilizado simultaneamente junto con macrolidos antifungicos, algunos antidepresivos e inhibidores de las proteasas, ya que puede aparecer prolongacion del intervalo QT y severos trastornos del ritmo cardiaco. Adicionalmente, el farmaco esta contraindicado en los pacientes con EPOC, ICC, cancer avanzado y en pacientes can alteraciones del equilibrio hidroelectrolitico como hipomagnesemia o hipokalemia. Igualmente, su uso debe hacerse con bastantes precauciones en los pacientes que reciben insulina y aquellos que presentan nauseas, vomito, diarrea o deshidratacion.