La Justicia Penal Internacional en la ultima decada del siglo XX y en los primeros anos del siglo XXI, ha alcanzado un amplio y significativo desarrollo, de la cual Colombia no ha sido ajena, ha traido nuevos retos, paradigmas y enfoques que impactan el mundo del derecho, el cual debe avanzar y ajustarse a estos nuevos desafios; ante este panorama surge la problematica relacionada con la Justicia Transicional en Colombia, la cual ha ido en busqueda de la solucion negociada al conflicto armado interno Colombiano. Haciendo un recuento historico, las negociaciones por la paz en Colombia iniciaron en 1984 con el gobierno del entonces presidente Belisario Betancur, se pactaron treguas y obligaciones hacia la paz con las FARC, el EPL y el M19, pero los grandes politicos y economias se resistieron a aplicar los acuerdos y la fuerza publica no amparo el cese al fuego, de forma que se retorna a las rivalidades. Para 1989 al expedir una politica de paz, el gobierno de Virgilio Barco pacta la paz con el M19, con propuestas de transformaciones. En 1991, al instalarse la asamblea nacional constituyente, el gobierno de Cesar Gaviria estipula la paz con el EPL y con los ejercitos campesinos PRT e indigenas MAQL. La democracia conseguida por una nueva Constitucion hizo que una parte minoritaria del ELN, la CRS, pactara la paz en 1994. Para la primera decada del siglo XXI, cabe recordar que la negociacion politica continuo con el gobierno del entonces presidente Alvaro Uribe Velez, llevando acabo la desmovilizacion de un aproximado de 32.000 combatientes de las autodefensas unidas de Colombia, lo anterior se materializo a traves de la Ley 975 de 2005, conocida con el nombre de “Ley de Justicia y Paz”. Hasta el dia de hoy, los gobiernos es nuestro pais han creado legislaciones para conseguir la paz, y los ultimos gobiernos han aplicado en sus leyes la JT. Por ejemplo, segun los informes de Ministerio de Justicia y del Derecho: “Colombia cuenta con casi diez anos de experiencia en la formulacion e implementacion de mecanismos de JT. Desde el ano 2005 a la actualidad, se han expedido leyes formulando politicas publicas y puesto en marcha mecanismos de JT tanto de Justicia Penal y rendicion de cuentas de los excombatientes, como de aclaracion de la verdad y de reparacion a las victimas.” Una de las legislaciones mas polemicas ha sido la del “Acuerdo Final para la Terminacion del Conflicto y de la Construccion de una Paz Estable y Duradera”, documento firmado en el ano 2016 entre delegados y delegadas del gobierno Nacional, presidido por el entonces presidente Juan Manuel Santos Calderon y delegados y delegadas de las FARC-EP especificamente con la creacion de la Jurisdiccion Especial para la Paz. Este Acuerdo Final de la Habana, ha generado criticas de diferentes analistas nacionales e internacionales, uno de ellos es el caso de la Fiscal de la Corte Penal Internacional, Fatou Bensouda, quien manifesto en un escrito enviado a la Corte Constitucional en el ano 2017, que “La JEP podrian generar impunidad, basicamente por vulnerar la responsabilidad del mando y las amnistias o indultos, puesto que segun el articulo 23 de la Ley 1820 de 2016 no podran concederse a individuos que hayan cometido crimenes de lesa humanidad, genocidio, crimenes de guerra, u otras conductas violentas.” Por ello esta investigacion esta enfocada en el reconocimiento de derechos y garantias para las partes del conflicto, desde la optica del Derecho Penal Internacional.