El objetivo de este trabajo fue implementar la identificacion especifica de Burkholderia glumae por PCR convencional; y conocer sus caracteristicas geneticas, a partir de plantas de arroz con evidencia de pudricion. Burkholderia glumae es el agente causal del anublo bacterial de la panicula del arroz, con una alta incidencia ocasionando considerables perdidas en la produccion de los cultivos en Colombia. Debido a que su identificacion es dificil, se requiere de un sistema de evaluacion que permita determinar de manera rapida y precisa este patogeno. Se obtuvo 64 aislados, de los cuales 41 fueron identificados por Reaccion en Cadena de la Polimerasa (PCR) como Burkholderia glumae. La caracterizacion molecular con los marcadores MB1 y BOX-PCR mostraron variabilidad genetica en la mayoria de los aislados, pero permitieron el agrupamiento de acuerdo a su origen geografico. La gran diversidad genetica encontrada refleja el alto grado de variabilidad existente dentro de los individuos de esta especie.