La Reserva Forestal Protectora Quebrada Vanguardiuno (RFPQV), es un area que ha sido intervenida y fragmentada por la deforestacion, generando zonas de borde en el ecosistema, afectando de manera indirecta la densidad y la actividad microbiana en el suelo en funcion de la distancia de borde hacia el interior del bosque. Por ello, la presente investigacion evaluo la densidad y la produccion de compuestos promotores de crecimiento vegetal Acido Indolacetico (AIA) y Amonio (NH4+) en microorganismos del suelo influenciados por el efecto de borde, asi como la determinacion de las caracteristicas fisico-quimicas del suelo (textura, color, pH, materia organica, P, Fe, Al) en muestras de suelo de 3 fragmentos de bosque de diferentes dimensiones (1,37ha – 12,63ha – 47,74ha) en la RFPQV en Villavicencio, Meta con el fin de dar un aporte a la actualizacion del diagnostico del Plan de Manejo Ambiental de la reserva. Se ubico un transecto en cada fragmento de bosque, compuesto por cinco distancias desde el borde hacia el interior (0 m, 10 m, 20 m, 50 m y 100 m). Los resultados mostraron que no hay diferencias estadisticamente significativas (P=<0,005) de acuerdo al tipo de fragmento o distancias de borde. Sin embargo, las densidades microbianas presentaron una tendencia de aumento y la produccion de AIA y NH4+ tuvieron un comportamiento variable de acuerdo a las distancias de borde. Asi mismo la mayor densidad microbiana y produccion de metabolitos fueron obtenidas en el fragmento pequeno, por lo tanto, se concluye que dicha variabilidad podria estar atribuido al efecto de borde. Ademas, se comprobo mediante el indice de correlacion de Spearman que el comportamiento de los microorganismos esta relacionado con las caracteristicas del suelo.