El procesamiento digital de imagenes aplicado al area biomedica se ha convertido en una herramienta indispensable para la obtencion de informacion medica, favoreciendo la fiabilidad de la diagnosis. La Neurocisticercosis es una enfermedad infecciosa conocida por ocasionar la aparicion de quistes en el cerebro. El estudio de medicamentos para combatirla se realiza sobre modelos animales como el cerdo, dado que por etica no es posible hacerlo originalmente en el ser humano. Normalmente, el estudio se hace sobre imagenes de microscopia de cortes del cerebro del animal. Recientemente se ha propuesto el uso de imagenes de resonancia magnetica para su estudio, pero el analisis es generalmente complejo debido a movimientos indeseados del cerdo, lo cual no permite realizar adquisiciones de alta resolucion. Actualmente no existe un metodo que permita realizar un analisis rapido y eficiente de las imagenes de resonancia magnetica de la cabeza del cerdo con el fin de obtener informacion valiosa para comprobar la efectividad de los medicamentos en el tratamiento de dicha enfermedad; asi los analisis se realizan manualmente, lo cual conlleva una gran cantidad de esfuerzo y tiempo. De ahi la importancia de disenar un metodo basado en tecnicas de procesamiento de imagenes, que permita identificar la cantidad de quistes presentes en el cerebro y su volumen para evaluar la efectividad del tratamiento. En este trabajo se describe el metodo desarrollado en lenguaje de programacion Java aplicado al software libre de procesamiento de imagenes ImageJ para obtener el numero y volumen de los quistes.