En esta investigacion presentamos las habilidades de pensamiento cientifico detectadas en los estudiantes de grado sexto, su nivel de desempeno y como el proceso de ensenanza-aprendizaje de las ciencias naturales responde a la formacion de estas habilidades en las instituciones educativas San Antonio de Raquira y Tecnica Agricola de Paipa. Se trabajo con alumnos de sexto dado que en este momento comienzan el ciclo de basica secundaria, pues a partir de los once anos, los ninos desarrollan la capacidad para pensar causalmente de forma cientifica, es decir inician la construccion critica del pensamiento cientifico. Las habilidades de pensamiento cientifico identificadas fueron: transferencia del conocimiento cientifico al entorno, procesamiento e interpretacion de datos, formulacion de hipotesis, diseno experimental, analisis, prediccion e inferencia; cada una de las cuales fueron identificadas en la prueba cognitiva, y son un excelente referente para que otros docentes cuenten con una matriz de referencia, niveles de desempeno que les permitan interpretarlas y adquirir conciencia de como fortalecerlas, desde espacios que promuevan la motivacion hacia una actitud cientifica, como tambien el diseno de estrategias didacticas apoyadas en el ABP con un hilo conductor sistematico que permite progresar de un nivel incipiente a un nivel mas avanzado, porque los estudiantes poseen las capacidades y es tarea del docente construir espacios y estrategias para ejercitarlas y transformarlas en habilidades que le permitan resolver problemas de manera asertiva. Este estudio llevo a la reflexion sobre mejorar las formas de ensenar, lo que implicaria capacitar a los maestros sobre habilidades de pensamiento cientifico