La variabilidad de la frecuencia cardiaca (HRV) es un indicador fisiologico del buen estado de salud que permite evaluar la severidad de diversas enfermedades y predecir mortalidad. Tradicionalmente se han empleado modelos matematicos en el dominio del tiempo y en el dominio de la frecuencia para caracterizarla. Sin embargo, a partir de la consolidacion de las ciencias de la complejidad, en las ultimas decadas se han desarrollado estrategias de analisis no lineal que buscan un acercamiento a la naturaleza compleja de las fluctuaciones cardiacas, como los algoritmos de entropia relacionados con la teoria del caos determinista. Estos algoritmos evaluan la regularidad de las senales fisiologicas, sin embargo, son muy sensibles a la longitud de la serie de datos, por lo que el tiempo de registro de la senal condiciona el resultado. Considerando la importancia de la HRV y la relevancia de las ciencias de la complejidad, el objetivo del estudio fue determinar si dos de los algoritmos de entropia utilizados para medir la regularidad de la HRV, la entropia aproximada (ApEn) y la entropia muestral (SampEn), presentan diferencias entre registros electrocardiograficos (ECG) de distinta duracion. Para esto, se compararon las medidas de la ApEn y la SampEn obtenidas a partir de electrocardiogramas de 3, 5 y 15 minutos de duracion de hombres jovenes, entre los 18 y los 25 anos, residentes en la ciudad de Cucuta. Los ECG se tomaron con el sistema de adquisicion de datos Powerlab 26T/LabChart Pro de ADInstrumentsTM, el cual se programo para medir los intervalos RR. Posteriormente, estos valores se introdujeron a Kubios, un software de analisis de la HRV, que calculo la ApEn y la SampEn de cada registro. La prueba de hipotesis no parametrica de Friedman reporto, con un nivel de confianza del 95%, que la ApEn presenta diferencias significativas entre los ECG comparados (valor p=0,00), mientras que la SampEn no presenta diferencias entre estos grupos (valor p=0,311). Asimismo, comparaciones dos a dos entre cada par de ECG, mediante la prueba de Wilcoxon de dos muestras relacionadas, permitieron concluir, con un nivel de confianza mayor al 98% por el ajuste de Bonferroni, que la ApEn presenta diferencias estadisticamente significativas entre cada uno de los ECG. De este modo, se puede afirmar que la ApEn de la HRV es muy sensible a la duracion del ECG, presentado diferencias significativas entre registros cortos y largos, mientras que la SampEn muestra mayor consistencia.