ABSTRACT Semen evaluation is an important component for the assessment of the stallion breeding potential, as well as for the diagnosis of subfertility/infertility cases. Furthermore, accurate estimation of the damage suffered by the sperm cell after cooling or freezing procedures is necessary for the development of newer procedures to maintain sperm integrity and function. Nevertheless, commonly used methods for sperm quality evaluation (sperm motility or sperm morphology) are not completely associated with the fertilizing potential of the spermatozoa under in vitro conditions, and in the best-case scenario are poor- to- moderately associated with in vivo fertility. In recent years, the introduction of advanced methods based on the use of fluorochromes for sperm evaluation has improved the clinician’s and researcher’s capacity to account for the differences on the fertility potential between sires, as well as critically evaluate the effect of several methods to preserve stallion sperm. The aim of this paper was to review some of the current fluorescence-based methods used for the evaluation of equine semen as an alternative for the selection of breeding stallions, the diagnosis of subfertility/infertility, and the estimation of optimal protocols for sperm preservation under laboratory conditions. RESUMEN La evaluacion del semen es un componente importante en la evaluacion del potencial reproductivo de sementales, asi como para el diagnostico de casos de subfertilidad / infertilidad. Ademas, es necesario realizar una estimacion precisa del dano sufrido por la celula espermatica despues de los procedimientos de refrigeracion o criopreservacion para el desarrollo de nuevos procedimientos a fin de mantener la integridad y la funcion del espermatozoide. Sin embargo, los metodos comunmente utilizados para la evaluacion de la calidad espermatica (motilidad o morfologia espermatica) no estan completamente asociados con el potencial de fertilizacion del espermatozoide en condiciones in vitro , y en el mejor de los casos estan poco a moderadamente asociados con la fertilidad in vivo . En los ultimos anos, la introduccion de metodos avanzados basados en el uso de fluorocromos para la evaluacion espermatica ha mejorado la capacidad del clinico y del investigador para explicar las diferencias en el potencial de fertilidad entre los sementales, asi como evaluar criticamente el efecto de varios metodos para preservar el espermatozoide equino. El objetivo de este trabajo fue revisar algunos de los metodos actuales basados en fluorescencia que estan siendo utilizados para la evaluacion del semen equino como una alternativa para la seleccion de sementales reproductores, el diagnostico de subfertilidad / infertilidad y la estimacion de protocolos optimos para la preservacion del espermatozoide bajo condiciones de laboratorio.