En Colombia, el cultivo del cafe se ha asociado tradicionalmente con las especies forestales Cordia alliodora y Tabebuia rosea, se caracterizaron 71 genotipos de T. rosea y 60 genotipos de C. alliodora de los ensayos de procedencias y progenies de CENICAFE mediante marcadores moleculares microsatelites (SSR). Los 24 loci obtenidos en T. roseae permitieron identificar poblaciones con baja consanguinidad, marcadores multialelicos y heterocigosidades esperadas iguales a las observadas. Los resultados sugieren que las poblaciones analizadas, aunque seleccionadas para el mejoramiento genetico, son equilibradas. Se demostro la transferibilidad de los microsatelites existentes en el genero de Tabebuia en otras especies y el principio de syntenia es una alternativa economicamente viable para otras especies de Tabebuia. En C. alliodora no se obtuvo transferibilidad con 27 microsatelites desarrollados para otras especies de la familia Boraginaceae. Como resultado, se desarrollo una libreria genomica enriquecida con microsatelites, se obtuvieron 24 secuencias microsatelites, 14 permitieron la deteccion de 22 loci polimorficos y multi-alelicos. El numero promedio de alelos por locus fue 2,4, la heterocigosidad esperada fue 0.403 y la heterocigosidad observada, 0.564. Estos resultados ofrecen una base cientifica y tecnologica para orientar la produccion sostenible de estas especies de madera valiosa y sirven de base para la gestion en politicas de conservacion.