El proyecto tiene como objetivo principal evaluar la incidencia del agroecosistema de cebolla larga sobre la regulación de la biodiversidad del suelo, utilizando la respiración edáfica como un indicador de degradación biológica en La cuenca del Lago de Tota, en el municipio de Aquitania, donde se ubicaron cuatro parcelas con diferencias de manejo; en cada parcela se evaluaron diferentes parámetros de estudio, como: Carbono orgánico, mesofauna (índice de riqueza y biodiversidad) y densidad aparente que se utilizaron como verificadores de la respiración edáfica. Con los resultados obtenidos en campo y el análisis de varianza realizado con un nivel de confianza del 95%, determino que la principal diferencia significativa se presentó en el comportamiento de respiración para cada tipo de manejo y evidenció que el indicador resulto ser suficientemente significativo estadísticamente para confirmar la hipótesis propuesta de que la respiración edáfica tiene una relación directa con cambios en la salud y calidad del suelo reflejada en los valores de los parámetros verificadores. Posterior a esto se generó un índice de degradación biológica del suelo a partir de los resultados obtenidos y las observaciones de campo, y a partir de esto se propuso una metodología para generar un índice en otros estudios para diferentes zonas. Finalmente se concluye que el agroecosistema de cebolla está alterando la salud y calidad del suelo, y que la respiración edáfica puede ser utilizada como un indicador de estos, así se facilita la toma de decisiones de los gestores y agricultores ante procesos de degradación de suelo