En este trabajo se estudia la produccion de biogas y biohidrogeno a partir de la codigestion anaerobia (a temperatura ambiente) y fermentacion oscura (a T=50°C) del estiercol bovino como inoculo y el mucilago de cafe a modo de sustrato. Los ensayos se llevaron a cabo con una relacion inoculo/sustrato 9:1 y evaluando el proceso sin aclimatacion y con aclimatacion a los 8 y 27 dias (EBA- 8 dias y EBA-27 dias). Se midieron y monitorearon los parametros fisicoquimicos como pH, alcalinidad, acidos grasos volatiles (AGV), solidos totales (ST) y volatiles (SV), CHONS, demanda quimica de oxigeno (DQO), PCR, metabolitos y azucares reductores; se midio diariamente, durante 5 semanas, el volumen de biogas generado por desplazamiento alcalino y finalmente, se caracterizo el mismo por cromatografia de gases. Bajo estas condiciones, la mayor produccion de biogas se presento para el proceso con aclimatacion inoculo-sustrato de 27 dias, con un PBM de 144,814 ml CH4/ g SV para codigestion anaerobia y 175,322 ml CH4/ g SV en el caso de fermentacion oscura. Del mismo modo, los resultados por cromatografia de gases indican que se obtuvo un biogas rico en metano (mayor al 50%) tanto para la codigestion anaerobia como para la fermentacion oscura. Para la obtencion de H2 se propuso realizar mejoras para el proceso de fermentacion oscura, incluyendo un pretratamiento al estiercol bovino y la adicion de un buffer a los reactores, obteniendo de este modo, la inhibicion de la etapa metanogenica.