El conflicto armado que durante decadas ha abatido a la sociedad colombiana parece haber encontrado su fin en el reciente Acuerdo Final suscrito el 26 de septiembre de 2016 entre las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia -FARC y el Gobierno Nacional; el texto del Acuerdo Final, entre otras cosas, contempla la creacion de un sistema de justicia especial que pretende contribuir al periodo de transito de la guerra a la paz en el cual se encuentra Colombia. La implementacion de este sistema de justicia extraordinario ha dado lugar al surgimiento de bastantes debates, entre ellos aquel referente a la docilidad de las penas que preve como aplicables a quienes cometieron ciertos delitos en el marco del conflicto armado. De manera que, resulta importante determinar las razones principales que justifican el establecimiento de penas flexible en dichos contextos. En este trabajo se parte de la observacion de los fines que tiene las penas previstas dentro del derecho penal ordinario, ademas de aquellos contemplados en el sistema de justicia transicional del Acuerdo Final, para determinar por que resulta ineficaz aplicar el derecho penal ordinario en el actual periodo de transicion en Colombia.