Los sistemas de tratamiento de aguas residuales no domesticas tienen como objetivo principal la estabilizacion y remocion de cargas organicas e inorganicas. En este estudio se evaluo, mediante tres muestreos realizados entre los meses de mayo y octubre, el sistema de tratamiento de aguas residuales de una industria de bebidas no alcoholicas. Las muestras fueron tomadas en Homogeneizador y Ecualizador, Biofiltro y Lodos Activados, con intervalos de 30 minutos durante 8 horas de produccion. Se observaron variaciones significativas en los tres instantes de tiempo en los parametros DQO, DBO 5 y COT. Para este escenario de la industria de bebidas no alcoholicas las mediciones dieron como resultado los siguientes valores promedio en los tres muestreos: DQO 1430.3 mg/L, DBO 5 613.08 mg/L y COT 677.1 mg/L. En cuanto al comportamiento microbiologico se encontro que las comunidades representativas que hacen parte del tratamiento son heterotrofos en un rango de 10 5 a 10 9 UFC/mL, hongos y levaduras con una concentracion mayor en el muestreo previo al mantenimiento y lavado del sistema realizado en el mes de mayo, con diferencias de hasta 2 unidades logaritmicas, y Pseudomonas que se encontraron como la poblacion en menor concentracion con valores del orden de 10 3 a 10 7 UFC/mL. Esto evidencia la gran diversidad microbiana que se encuentra en este tipo de sistemas y la variacion que tiene la concentracion de microorganismos dependiendo de operaciones de mantenimiento y limpieza y del tipo de materia prima que se utilice en el proceso, afectando las remociones de COT.