Introduccion: la sepsis de inicio precoz es la que ocurre en las primeras 72 horas de vida o esta relacionada directamente a factores gestacionales y del periparto (o a ambos). Debido a que esta enfermedad presenta signos y sintomas inespecificos se requiere de una oportuna utilizacion de los estudios microbiologicos. Objetivo: describir los germenes aislados en los recien nacidos con factores de riesgo que desarrollaron sepsis de inicio precoz. Metodo: se realizo un estudio analitico de grupos comparativos con elementos de enfoque mixto. La poblacion estudio estuvo conformada por 312 neonatos con factores de riesgo que ingresaron en la Sala de Neonatologia entre 2015 y 2017. Resultados: se relacionaron la localizacion y la progresion clinica de neonatos con el numero de factores de riesgo. La sepsis no probada por estudio microbiologico, y dentro de ella las formas menos graves de la enfermedad, se presentaron en el 78,6 y el 48,6% respectivamente. Conclusiones: dos de cada diez neonatos con factores de riesgo para la sepsis enfermaron, predomino la infeccion del torrente sanguineo y se destacaron los germenes Gram positivos como responsables en la genesis de la sepsis neonatal precoz.