El rio Bogota (Colombia) sufre contaminacion desde su nacimiento en el municipio de Villapinzon por curtiembres ubicadas en su lecho, que generan desechos como residuos de metales pesados; de los cuales se han reportado estudios para cromo, plomo y mercurio durante los ultimos anos; sin embargo metales como cobre y niquel no son nombrados, razon por la cual el presente estudio identifica los metales pesados cobre y niquel en matrices de agua y lodos residuales del rio Bogota en la vertiente de Villapinzon (coordenadas: 5°12'40.6N 73°36'02.7W), mediante la tecnica de absorcion atomica. Para la determinacion se realizo un muestreo compuesto en funcion del tiempo, se elimino la materia organica presente en las muestras mediante digestion por dos vias (acida y asistida por microondas). Se determinaron los limites de deteccion y cuantificacion para cada metal, siendo para Cobre: LDD=0.0002 mg/L y LDC=0.0015 mg/L; y para Niquel: LDD=0.0005 mg/L y LDC=0.0012 mg/L. Ademas se establecio que: aunque estadisticamente no hay diferencia significativa entre los tipos de digestion, graficamente se observa que se encuentran mayores concentraciones de los metales es en la digestion via acida; existen mayores concentraciones de los metales en lodos que en aguas, no existe correlacion entre los metales en las diferentes matrices, ni entre agua y lodo para la concentracion de un mismo metal; por ultimo, las concentraciones detectadas para cobre y niquel en aguas y lodos no exceden los limites permitidos por la normatividad colombiana para aguas residuales y biosolidos.