En este trabajo se realizo la estandarizacion de DGGE a partir de diferentes biorreactores con cultivos mixtos de microorganismos, para los cuales se normalizo un metodo de extraccion de ADN para la amplificacion adicional del gen 16S rRNA de los cebadores 338F y 518R que generan un Amplicon de la region V3 del gen Por PCR, un metodo que tambien fue estandarizado en el laboratorio para el posterior analisis por la tecnica DGGE. Se encontro que la temperatura de recocido es una parte fundamental para el desarrollo de la PCR ya que es el momento en el que se genera la hibridacion entre los cebadores y la cadena de ADN, el protocolo TDown es una tecnica importante, pero reduce significativamente la selectividad De los cebadores en el momento de la amplificacion del gen de interes, para las muestras de cultivos mixtos que se obtuvieron el DMSO resulto ser el mejor reactivo para la optimizacion de la PCR, al realizar electroforesis en gel de poliacrilamida, el bromuro de etidio es un Pero no se puede anadir previamente en el gel, si no es que la tincion posterior es necesaria con la solucion, la PCR es una tecnica sensible a varios factores, pero es muy util para la caracterizacion de microorganismos debido a su alta selectividad. En cuanto a la DGGE, para la estandarizacion completa del metodo, es necesario hacer un mayor numero de repeticiones con diferentes muestras para validarlo completamente.