Introduccion: Acanthamoeba y Naegleria son generos de amebas de vida libre resistentes a cambios extremos de temperatura y pH, aislados de diversos ambientes (suelo, aire y agua). Debido a la cantidad de habitantes que se benefician de las aguas del Rio Pamplonita, al desconocimiento de su presencia en la region y al aumento de enfermedades relacionadas con el consumo de agua, se considera necesario realizar estudios sobre la distribucion de estos microorganismos. Objetivo: Identificar Acanthamoeba spp. y Naegleria spp. en aguas del curso principal del rio Pamplonita de la zona metropolitana de Cucuta, Colombia. Metodos: La busqueda de las amebas de interes se realizo mediante examen directo y cultivo a 28, 37 y 42 °C en agar no nutritivo a partir de 21 muestras de agua de siete sectores del rio Pamplonita. Adicionalmente, se midio pH y temperatura in situ y se determino la carga de coliformes. Resultados: Se encontro que 76,2 % de las muestras fueron positivas para alguna de las amebas. La Acanthamoeba fue la que se aislo con mayor frecuencia. El 28,6 % de los cultivos incubados a 42 °C fueron positivos principalmente para Naegleria spp., lo que indica que estos aislados termotolerantes podrian tener potencial patogeno. Conclusion es : Acanthamoeba spp. y Naegleria spp. son frecuentes en aguas del Rio Pamplonita en areas de importante intervencion humana. El hallazgo de amebas termotolerantes alerta sobre el riesgo de salud para la poblacion que se encuentra expuesta a esta fuente hidrica.